La controversia eclesiológica central en la época de la Reforma tenía que ver con la ubicación o identidad del reino sobrenatural de Dios sobre la tierra. Los escritores protestantes no discutían la existencia de una auténtica ecclesia Christi en este mundo. Ellos, al igual que los teólogos católicos, sostenían que no podía haber salvación fuera de esta verdadera ecclesia. Donde se apartaron de la verdad revelada fue en su afirmación de que el reino sobrenatural de Dios sobre la tierra no era la sociedad religiosa organizada que preside el sucesor San Pedro, sino algo invisible, la suma total de todos los hombres y mujeres buenos o predestinados sobre la tierra.
De ahí que, en sus escritos polémicos, los teólogos de la Contrarreforma tendieran a pasar por encima las enseñanzas sobre la naturaleza y prerrogativas de la verdadera ecclesia como tal y a concentrarse en la tarea de demostrar que esta unidad social se identifica realmente, en el estatus del Nuevo Testamento, con la sociedad religiosa que preside el Obispo de Roma como Vicario de Cristo y como sucesor de San Pedro. Y, puesto que los herejes habían negado que la enseñanza del magisterium católico es realmente la norma inmediata de la fe cristiana, teólogos brillantes como Stapleton tendieron a centrar su enseñanza sobre la Iglesia en el punto de que su enseñanza está divinamente establecida como norma para la aceptación de la revelación pública divina mediante el acto de fe.
En su mayor parte, los primeros teólogos de la Contrarreforma escribieron como brillantes panfletistas polémicos. Escribieron su doctrina de ecclesia sin ninguna consideración especial por la disposición en el cuerpo de la teología escolástica. De hecho, en lo que respecta a la mayoría de ellos, tales enseñanzas se situaban simplemente en el orden en que los propios herejes habían colocado sus negaciones de la verdad católica en sus propias profesiones de fe. Había, por supuesto, excepciones. Driedo, por poner sólo un ejemplo, integró su tratado sobre la Iglesia en su magnífico De ecclesiasticis scripturis et dogmatibus. En esta obra, el primer libro trata del catálogo de la Sagrada Escritura, y el segundo de las diversas traducciones y exposiciones de la Escritura, junto con los diferentes sentidos en que puede entenderse la enseñanza de los libros inspirados. El tercer libro se ocupa de
"Algunas breves reglas y dogmas con los que se ayuda a los estudiantes a comprender los lugares obscuros y a discernir las significado literal y místico de la Sagrada Escritura".
El cuarto libro está dedicado al estudio de la tradición y de la Iglesia.
La ubicación del tratado sobre la Iglesia que había sido esbozada por Driedo recibió su forma clásica permanente en el famoso De locis theologicis de Melchor Cano. Cano enumeró la autoridad de la Iglesia universal como el tercero de sus diez loci theologici y dedicó el más bien breve libro cuarto de su obra maestra a un estudio de esta fuente. En este cuarto libro estudió la definición y la pertenencia de la Iglesia, así como su autoridad en el ámbito de la doctrina sagrada.
El que estaba destinado a ser, por mucho, el tratado sobre la Iglesia más influyente que debía aparecer en la literatura de la sagrada teología era el De ecclesia militante de San Roberto Belarmino. El primer capítulo de este libro está dedicado a los diversos significados de la palabra "ecclesia". El segundo conduce y se centra en la famosa definición belarminiana de la Iglesia, una definición que indica el verdadero reino de Dios del Nuevo Testamento en términos de su pertenencia. Los ocho capítulos siguientes están dedicados a analizar y probar la afirmación de San Roberto de que la verdadera Iglesia militante de la Nueva Dispensación es, en realidad, una sociedad visible, la compañía de los que están unidos en la profesión de la misma fe cristiana y en la comunión de los mismos Sacramentos, bajo el gobierno de pastores eclesiásticos legítimos y, en última instancia, bajo el gobierno del Romano Pontífice, el Vicario de Cristo sobre la tierra. Los últimos siete capítulos del De Ecclesia militante tratan de la indefectibilidad e infalibilidad de la Iglesia.
Con San Roberto la asignación del tratado sobre la Iglesia en el ámbito de la sagrada teología superó con creces los inicios realizados por Driedo e incluso el orden clásico del De locis theologicis de Cano. El De ecclesia militante forma parte del primer volumen en folio de las Disputationes de controversiis christianae fidei adversus huius temporis haereticos de San Roberto. Este primer volumen se compone de siete "Controversias", cada una de las cuales se subdivide en un cierto número de "Libros". Las siete "Controversias" son: (1) Sobre la Escritura y la tradición, (2) Sobre Cristo, cabeza de toda la Iglesia, (3) Sobre el Sumo Pontífice, (4) Sobre los Concilios y la Iglesia, (5) Sobre los miembros de la Iglesia, (6) Sobre la Iglesia en el Purgatorio, y (7) Sobre la Iglesia triunfante. El segundo volumen trata de los Sacramentos y el tercero del pecado original y de la gracia.
La disposición hecha por San Roberto fue en el campo de la polémica más que en el de la teología estrictamente escolástica. Después de la muerte de Estio, el último comentarista importante de Pedro Lombardo, la corriente principal de la teología estrictamente escolástica continuó en la línea de los comentarios a la Suma teológica, y de los "Cursos teológicos" basados en el texto de Santo Tomás. Entre los contemporáneos más jóvenes de San Roberto, algunos, como Francisco Silvio, relegaron el tratado sobre la Iglesia al ámbito de la teología polémica. No hay ningún tratado sobre la Iglesia en la gran obra escolástica de Silvio, su comentario a la Summa. Sin embargo, dicho tratado se encuentra en su De praecipuis fidei nostrae orthodoxae controversiis cum nostris haereticis. Esta obra considera la definición de la Iglesia, su pertenencia, visibilidad y notas, origen e indefectibilidad, y autoridad doctrinal.
El medio siglo transcurrido entre la publicación de las Controversias de San Roberto (1584) y las de Silvio (1638) vio los primeros intentos de inclusión del tratado sobre la Iglesia en el tejido de la teología estrictamente escolástica. Se trata de un período de transición entre los comentarios propiamente dichos, las explicaciones del texto de la Summa, artículo por artículo, y el clásico "cursus theologicus" que se desarrolló a partir de estos comentarios, y que finalmente cristalizó en la forma del manual contemporáneo de sagrada teología. Comentarios como los de Báñez y Wiggers incluían un tractatus de ecclesia como una especie de apéndice a la explicación del artículo décimo de la primera cuestión de la secunda secundae de la Summa. Suárez, Tanner y Gregorio de Valencia integraron los tratados sobre la Iglesia en sus escritos escolásticos sobre la virtud de la fe. Mientras que la mayoría de los demás trataron la Iglesia, el Romano Pontífice y los Concilios en este contexto, Juan de Santo Tomás se contentó con un tratado sobre el Romano Pontífice solo. La costumbre de situar el tratado sobre la Iglesia dentro del tractatus de fide, o como apéndice del mismo, se mantuvo hasta finales del siglo XVIII. El propio Billuart siguió este procedimiento.
Sin
embargo, por desgracia, el tratado sobre la Iglesia que finalmente se incorporó
al curso de la teología estrictamente escolástica era, en última instancia,
sólo el material que había sido expuesto en la teología polémica por los
grandes escritores de la Contrarreforma. Se subrayaron dos puntos: el hecho de
que la sociedad visible que vive bajo la dirección del Romano Pontífice es
realmente la verdadera ecclesia del Nuevo Testamento (en las tesis sobre
la membresía y las notas de la Iglesia), y la posición de la Iglesia como norma
inmediata de la fe cristiana. Junto con ellos se suele discutir el origen y la indefectibilidad
de la Iglesia. Y es interesante observar que, hasta bien
entrado el siglo XVII, en las Controversias de Silvio, la enseñanza
sobre el origen de la Iglesia demostraba que la Iglesia militante como tal
había comenzado a existir en los días de nuestros primeros padres, y que la
Iglesia militante del Nuevo Testamento comenzó en los días de la vida pública
de Nuestro Señor sobre la tierra.
